TCGA癌症临床信息资源全面介绍---癌症研究领域的全谱！

2006年，乳白血染病遗传物质绘出解（The Cancer Genome Atlas, TCGA）开发计划以多形普遍性胶质母细胞会病变（GBM）、肺鳞状细胞会乳癌（LUSC）和卵巢上皮细胞普遍性囊肝乳癌（OV）开始为期3年的试点项目，2009年~2015年全面揭开。到项目截止，TCGA网络研究者工并作者已描绘了33种乳白血染病各种类型10,000余实有高血压的大分子基本特征，并下定义了很多大分子共通点。TCGA包含的医学更为重要基本特征都是描述性的的资讯获取。为维护恰巧确常用这些更有遗传物质基本特征的海量医学的资讯，近来TCGA完成一批重大成果，刊发在CellPress集团的期刊。

本文对4月末5日刊发Cell上的一文完成解释器。书评阐述以OS（总生存环境期）、PFI（无实质性有规律）、DFI（不止有规律）和DSS（染病症相关存活）为四个主要医学结果绕道的TCGA泛乳白血染病医学的资讯海洋资源（TCGA-CDR）规格化的资讯库，并说明了了每种乳白血染病各种类型的绕道常用决定。TCGA医学的资讯可从遗传物质的资讯共享空之间（GDC）门户网站电子书，所有的大分子的资讯在电子书。医学的资讯和大分子的资讯常用同样的条码结构，便于高血压的医学资料和抽样大分子的资讯定位。

TCGA泛乳癌的资讯库函数调用基本特征

绘出1A为医学的资讯定位和数学方法方法及4个主要医学绕道衍生和评核的流程绘出,对33份初始登记和97份近期的资讯文件，共33种乳白血染病各种类型111,60实有乳白血染病高血压的资料完成了执行。备注1为每个TCGA函数调用的基本基本特征。按原发抽样根据大分子基本特征入选为每个函数调用，眼部癌症（SKCM）的原发和移转到灶两种各种类型都有，其它极极少数的原发与移转到各种类型也有研究者。

绘出1. 医学的资讯定位和数学方法方法及4个主要医学绕道衍生和评核流程绘出

备注1. TCGA 泛乳癌函数调用基本特征

医学结果绕道OS、PFI、DFI和DSS

总生存环境期（OS）很最主要，高效率是下定义OS意外事件时模糊普遍性最低。但常用OS并作绕道不太可能削弱医学研究者，因为非乳癌死因不一定能反映出另行生物体学、侵扰普遍性或对用药缓解。常用OS或只需格外长的随访星期；很多医学试验之中，通常采行相较随访星期较短的DFI或PFI。针对基本TCGA医学的资讯，要认识到间歇医学随访有规律在侵扰普遍性乳白血染病各种类型结果的最主要普遍性，因为不太可能几年内就判读到医学意外事件，在死亡前所已出另行现染病情发并作或实质性。对侵扰普遍性要强的乳白血染病各种类型，高血压在数十乃至几十年后发并作，随访其之间不太可能无法判读足够意外事件以支视之为可靠结果供判断。该数学方法的目的是检测TCGA泛乳癌医学检测的相较优势和太低，指导在短期内的数学方法和不必要随访有规律星期太低等缺陷。

数学方法全部TCGA医学的资讯后，论断如下：在的资讯可授予时，OS、PFI及DFI相较精确，但基本上情况下只能预估DSS。绘出1B为33种显然相同乳白血染病各种类型的OS K-M圆弧。尽管生存环境数学方法不是TCGA主要目标，基本上乳白血染病各种类型生存环境圆弧与依然评核相同生存环境绕道的脱离研究者大致相同，GBM、OV（2008, 2011）和低层次胶质病变（LGG）（2015）的TCGA结果就是最难实有证。PFI、DFI和DSS的K-M圆弧见绘出1C–1E。

绘出1 B-E医学的资讯数学方法

基于每种乳白血染病各种类型4个绕道的判读星期量化平均随访星期及意外事件或检测的之中位星期（备注2）。所有的之中位随访星期为22.1个月末，但显然相同各种类型乳白血染病该星期关联普遍性大大；GBM和急普遍性髓系白血染病（LAML）最短平均12个月末，而肾嫌色细胞会乳癌（KICH）不长平均48个月末。

备注2 总体之中位随访星期及4个绕道的意外事件与判读之中位星期

提拔常用的医学结果绕道

医学结果绕道选择取决于研究者目标、意外事件数量、函数调用形状和结果的资讯总质量。将这些方法和开发的其它方法并作为对单个染病症的资讯库的次测试和说明检测，说明了在每种染病症各种类型之中常用每个结果绕道的决定及理由（备注3）。每种乳白血染病各种类型的生存环境绕道只需要最极少通过一个主要次测试和说明检测才被接受。33种乳癌之中的13种常用全部4个绕道：输尿管尿路上皮乳癌（BLCA）、宫颈鳞状细胞会乳癌（CESC）、结肠乳癌（COAD）、食管乳癌（ESCA）、头颈部鳞状细胞会乳癌（HNSC）、肾状细胞会乳癌（KIRP）、肺肝乳癌（LUAD）、LUSC、OV、胰肝乳癌（PAAD）、肉病变（SARC）、肺肝乳癌（STAD）和子宫内膜乳癌（UCEC）。相反，很难一个绕道的有嗜铬细胞会病变和副神经节病变（PCPG）。淋巴弥漫大B细胞会淋巴病变（DLBC）、LAML和胸腺病变（THYM）仅有一个绕道；剩余乳白血染病各种类型2或3个绕道，但其之中一些视之为保留意见。最可靠的是PFI，可无保留地提拔给除LAML（无的资讯）、DLBC和KICH（严肃常用）和PCPG（不提拔）外的4种。

备注3 绕道OS,PFI,DFI及DSS的评核与提拔常用

解析TCGA-CDR及案实有领域

在乳肝乳癌研究者之中，雌激素ER阴普遍性高血压医学生存环境期高血压比ER+高血压差。分别用OS、PFI、DFI和DSS较为这两类高血压的生存环境期（绘出3A–3D；圆弧截止于10年随访星期，但常用整个的资讯库完成数学方法）。单环境因素数学方法揭示，常用PFI（p= 0.005）和DFI（p = 0.001）并作为医学绕道，TCGA之中ER+乳肝乳癌高血压比ER-高血压有格外好的生存环境期，但常用OS时两类高血压之间不不存在关联普遍性(p = 0.097) 。此外，两类高血压的DSS（p = 0.009）有突出关联普遍性，备注明DSS的潜在价最大值。以上发现猜测了PFI和DFI是特定各种类型乳肝乳癌大分子研究者的合适绕道。

绘出3 解析和领域实实有

此外还解析了侵扰普遍性GBM生存环境结果绕道。TCGA之中GBM之中位OS为12.6个月末，介于先前所报道的规格用药的12.1个月末和规格用药联合替莫唑胺的14.6个月末彼此之之间。之中位PFI是6.1个月末，介于先前所报道的规格用药5个月末和规格用药联合替莫唑胺的6.9个月末彼此之之间。无论如何，TCGA的资讯库OS和PFI意外事件星期与古书明确。之后可知OS和PFI并作为GBM大分子研究者的医学绕道效度。

用Cox比实有不太可能会转回数学方法已确定高期（III、IV期）相较低期（I、II期）乳白血染病高血压的不太可能会比（HR），解析4个绕道的TCGA-CDR的资讯。由于DFI下定义与其它结果的下定义不明确，对提拔常用OS、PFI和DSS的14种各种类型乳白血染病较为logHR（备注3）。随后仅有对意味着Cox比实有不太可能会假定的染病症完成粗略估计（绘出3E–3G）。结果备注明，14种各种类型乳白血染病之中，除之间皮病变（MESO）、PAAD和葡萄膜癌症（UVM）外，高期对比低期HR在3个提拔绕道OS、PFI及DSS上引人特别注意偏高。采行配对抽样的Wilcoxon秩和检验，当常用PFI与DSS（p = 0.0008）或PFI与OS（p = 0.039）测算时，logHR有突出关联普遍性，揭示染病症实质性和生存环境绕道在HR上不存在系统差值；OS与DSS彼此之之间很难突出关联普遍性（p = 0.106）。对2个logHR最大值的规格误以为完成变粗略已确定Pearson自变量， 由logHR预估的3种结果有极突出恰巧相关：PFI和OS自变量0.96（95%置信区之间[CI]：0.77–0.99），PFI和DSS为 0.95（95%置信区之间：0.76–0.99），OS和DSS为0.90（95%置信区之间：0.61–0.98）。这些相关普遍性潜在支视之为医学之中期用PFI，后期用OS和DSS来并作绕道。

除了定位大分子的资讯，还先前数学方法首次用药后不止高血压与非不止高血压是否出另行现显然相同的另行意外事件。TCGA-CDR之中29类乳白血染病的资讯用于化解该弊端，划定高血压从染病因到完成首治并达到不止状态最极少存活3个月末。以LUSC为实有，有289实有不止高血压和41实有长期非不止高血压，NTE率分别为21.8%和68.2%。用Cox比实有不太可能会转回数学方法，发现在非不止高血压之中NTE不太可能会突出高于不止高血压（HR = 6.68，95% CI = 4.25–10.51，FDR缩减q最大值＜0.05）。在另外21种乳白血染病各种类型之中也有近似于结果（备注4）。余下7种之中很难判读到这些关联普遍性。我们也在评核是否每个数学方法都意味着比实有不太可能会假定，其之中有两个不具备，只需要研究者星期依赖及多codice_数学方法来寻找理由。

备注4 非不止与不止高血压NTE演进对比

TCGA从全球数百个客运站获取确诊，为化解医学的资讯显然相同客运站之间的可比普遍性，只需慎重考虑的资讯非常简单普遍性、和高血压基本特征等。对每种染病症而言，我们对比了前所两名透过确诊数最多的组织来源客运站（TSS）与所有其它TSS的同种染病症及4个结果绕道（备注5）。

备注5 对来自前所两位TSS的每个乳白血染病各种类型研究者结果完成较为

对于GBM等极更有侵扰普遍性的，前所两位TSS（#1和#2）的发染病许多人与其它TSS比起近似于的有OS、PFI和DSS，因意外事件太极少难以数学方法不提拔DFI来并作绕道。BRCA等较低侵扰普遍性，强力提拔常用PFI和DFI，但决定严肃用OS或DSS评核。TSS #1的医学的资讯造成了还好的OS和DSS，但很难判读到PFI关联普遍性；另外，微小上TSS#1有格外好的DFI结果，仅有出另行现3实有 DFI意外事件。这种备注里不一的情形备注明该客运站的结果的资讯只需必要普遍性评核。另一方面，TSS #2的4个绕道结果与其它以外明确。

这个比较简单的结果较为备注明，当从特定结果数学方法整体TCGA的医学的资讯时，只需要慎重考虑TSS的显然一致的资讯。由于年长、依此/PG及用药等环境因素负面影响显然相同TSS患染病许多人的绕道结果，TSS可以并作为这些和不显然医学原文等其它未测算关联普遍性的替代。

潜在的群集环境因素、恶性竞争结果的

不太可能会及数学方法假定

对医学生存环境绕道数学方法来说，决定常用所执行的全部医学的资讯。但比起大分子/遗传物质的资讯的定位数学方法，要特别注意两个方面。首先，提拔意见基于基线生存环境数学方法，以大分子共通点并作推论另行系数划分抽样集，有不太可能破坏结果粗略估计的突出普遍性关联普遍性。因此，从两者之间关联的TCGA大分子的资讯或共通点TCGA-CDR结果的资讯之中推论另行的论断只需在脱离的的资讯库之中必要普遍性猜测。

第二，我们决定仅有常用原发的大分子的资讯，因为高血压初诊时，最主要星期的资讯等匹配的医学的资讯已获取相较非常简单。眼部癌症（SKCM）在TCGA各种类型之中非常特别，470实有之中仅有103实有原发，其余296实有为原发大面积淋巴结移转到，68实有可执行移转到。这与很极少获取到移转到病变的其它TCGA乳白血染病各种类型形成；也。SKCM移转到病变很极少更有有匹配的原发，而其它TCGA乳白血染病各种类型尽管很极少有移转到病变，但都更有有匹配的原发抽样。因此，对于SKCM结果的相关普遍性，决定只常用可用数量的原发确诊，尽管SCKM淋巴结移转到的III期确诊可并作为脱离定立完成研究者。

在常用另行定位的TCGA-CDR的资讯库时，还只需要特别注意：潜在混淆环境因素、恶性竞争结果的不太可能会及数学方法假定。

群集环境因素

群集环境因素不存在但被排除在数学方法之外时，差值不太可能高估或低估真实。如在乳肝乳癌的种族关联普遍性研究者之中，白人与黑人高血压彼此之之间不存在最主要的基因备注达关联普遍性，然而根据大分子共通点完成缩减后，这种关联普遍性突出减极少甚至消失。治果也是潜在的群集环境因素，当的资讯可获取时应适当慎重考虑缩减。用药未知时，年长、诊治医院及染病因年份等规格用药并作为替代的资讯能减极少部分差值。对这方面的决策建模，鼓励常用遥相呼应高血压研究者决定年度报告（REMARK）。

恶性竞争结果的不太可能会

测定DSS、DFI和PFI绕道时，要对很难经历最主要意外事件且不止的死亡高血压完成审查。在这种情况下，如果假定高血压很难其它死因，那她/他终于仍不太可能死于乳白血染病指征。然而，在预估用药等推论另行系数对继发普遍性乳白血染病或心血管染病症等非指标乳白血染病死亡不太可能会的推论另行能力时，该假定并不一定可取。

数学方法假定

领域Cox比实有不太可能会（PH）数学方法需检测PH假定。则有案实有外，大基本上数学方法都意味着Cox PH假定，但只需必要普遍性探索这些个案以找出另行违反假定的理由，从而对HR特别强调格外准确的预估。尽管现在为挖掘的资讯和化解弊端付出另行了不小努力工并作，但仍不存在最主要的常用受限制，访问TCGA医学的资讯都需了解这些受限制。

首先，TCGA主要是为大分子研究者设计，刚开始确诊选择来自多个的机构更有有合适供给组织的未用药原发确诊，因此这些确诊不组合成渐进。此外，对于每种显然相同各种类型/研究者，随访的资讯很难确立获取。同时，医学的资讯获取的一些比赛规则在依然不得不随着星期的推移而改变。TCGA - CDR不包含乳白血染病用药巨著，并非所有确诊都被原文。因此，数学方法特定各种类型或共通点的用药背景比起概况普遍性泛乳癌数学方法。当高血压完成显然一致用药时，受益能用DFI和PFI绕道有效数学方法。

其次，TCGA抽样医学随访根据当地诊所的星期备注，不太可能为染病症或特定胸部的发并作和患者最主要灵魂状态的详细描述，因此很难TCGA指定的医学随访开发计划，仅有说明了项目主要强调的大分子基本特征。

之后，依然所有TCGA授予的抽样和遗传物质及大分子的资讯来自另行诊高血压原发的单个切片，由此造成了的遗传物质和大分子的资讯不能在空之间或星期任何方面指明捕获都是另一高血压结果codice_的异质普遍性。该弊端不是TCGA独有的，任何静态原发普遍性研究者都不存在。

展望

这项工并作是有巨著以来第一次全面系统化执行TCGA泛乳癌医学资料。由此造成了的TCGA-CDR的结果绕道与脱离非TCGA研究者结果明确，说明该海洋资源在空前所规模的医学时间尺度上透过了生物体观测另行视角。也要认识到TCGA-CDR的内在常用局限普遍性及更为重要普遍性指导和提拔意见。现在非常角度看，人类染病症将来大规模的大分子研究者需系统化获取医学染病变、用药和转归意外事件的资讯，以坚视之为最高规格的医学研究者。尽管有其局限普遍性，TCGA-CDR透过了规格化的资讯库，以及模糊的4个医学结果绕道导出另行，并化解了总质量弊端，从而在泛乳癌和形态水平上完成转化研究者。将来的资讯研究者的混合将提高结果彼此之之间的可比普遍性，格外好地解释和支视之为以此类推。

参考资料

An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics